Sur place, Christophe Colomb se rend vite compte qu’il n’y a pas assez d’épices, mais bien d’autres richesses à exploiter abondamment. Il s’agit de métaux précieux (or et argent), de bois et de nouveaux aliments (ananas, maïs, haricot, pomme de terre, tomate, cacao, tabac, etc.).

À l’issue de son premier voyage, il rapporte de l’ananas en Espagne. Surnommé le « roy des fruits », il ne tarde pas à devenir rapidement populaire et à orner la table des souverains espagnols.

L’or est, au départ, obtenu grâce aux pillages des temples, à l’orpaillage, puis dans un second temps, grâce à la création des mines. Dès 1550, il vient des Antilles et du Mexique à raison de quatre tonnes par an en moyenne. L’argent est extrait des mines comme celle de Potosi (au sud de l’actuelle Bolivie) dont l’exploitation commence en 1545. Potosi est en réalité le nom du village localisé en contrebas d'une montagne haute de 4700 mètres surnommée le Cerro Rico. Les Indiens se rendent sur son sommet et creusent le sol à la recherche d'argent. À partir de 1570, ne trouvant plus de ressources par le sommet, ils doivent creuser des tunnels dans la montagne. Cette mine produit près de 300 tonnes d’argent chaque année au XVI^e siècle. Il s'agit de la mine en activité la plus ancienne au monde.

Pour faciliter leur gestion, les territoires conquis par l'Espagne à travers le monde vont être organisés en vice-royautés. Les Amériques sont réunies dans la Vice-Royauté de Nouvelle-Espagne, créée en 1535. La colonie est divisée en audiences. Les "Indiens" vont être dépossédés de leurs terres. Deux systèmes sont mis en place pour optimiser l’acquisition des richesses du lieu : la repartimiento et l’encomienda.

La repartimiento s’apparente à un travail forcé. Elle est instaurée dès 1499. Elle permet à certains colons d’engager des "Indiens" pour travailler dans les terres ou les mines en étant rétribués pour leur travail. Pour obtenir cette main-d’œuvre, le colon doit s’adresser au vice-roi ou à l’audiencia. La période de travail est codifiée : deux semaines dans les champs et cinq dans les mines. Le colon ne peut recourir à ce système que trois à quatre fois par an.

L’encomienda consiste à récompenser les services d’un colon espagnol en lui octroyant un domaine agricole, appelé encomienda, et en lui permettant d’asservir les "Indiens" qui vivent sur ces terres. Ce colon est appelé l’encomendero. Ces "Indiens" sont obligés de travailler dans les champs sans percevoir de salaire. En revanche, il leur est interdit de travailler dans les mines. Chaque "Indien" doit verser à la Couronne un tribut en or, en nature (étoffe de coton) ou en produits agricoles divers. En échange de la perception de cette contribution forcée, l’encomendero s’engage à les protéger, à les convertir au Christianisme et à les civiliser. Lors de son institutionnalisation en 1503, ce système se superpose au précédent. Même s’il est très rentable, il suscite néanmoins de vives critiques. 

La mise en place de l'esclavage des populations indigènes complète ces deux systèmes. Il prend des formes variées. Contrairement à la main-d’œuvre africaine, les "Indiens" sont nombreux et peu coûteux. Les Espagnols peuvent se pourvoir en esclaves de différentes façons : l'encomienda, les prisonniers de guerre, le tribut et le rescate. Les instructions confiées à Hernán Cortés (1485-1547), par la Couronne, le 26 juin 1523, légitiment l’asservissement des prisonniers de guerre. Dès lors, les hommes et les femmes capturés par les Espagnols pour s'être rebellés contre le pouvoir sont réduits à l'esclavage. Le tribut que doivent payer les "Indiens" soumis à l’encomienda peut également mener à leur asservissement. Le 15 octobre 1522, Charles Quint promulgue une ordonnance qui autorise l’achat et le troc d’êtres humains, autrement dit le rescate. Le visage des "Indiens" est marqué au fer rouge et ils sont contraints de travailler dans les mines. Quand ils travaillent la terre, il s’agit de productions destinées à l'exportation vers l’Europe comme le cacao, la canne à sucre, le riz, le tabac et la vigne.